食品企业标准的监管部门主要是省级卫生健康行政部门，而非市场监管部门，以下是相关的法律法规依据：
《中华人民共和国食品安全法》：规定省级以上人民政府卫生行政部门应当在其网站上公布制定和备案的食品安全国家标准、地方标准和企业标准，供公众免费查阅、下载。其中第二十一条指出，食品安全风险评估结果是制定、修订食品安全标准和实施食品安全监督管理的科学依据，国务院卫生行政部门应会同国务院食品安全监督管理部门制定、修订相关食品安全国家标准。第三十条也提到，国家鼓励食品生产企业制定严于食品安全国家标准或者地方标准的企业标准，在本企业适用，并报省、自治区、直辖市人民政府卫生行政部门备案.
《中华人民共和国标准化法》及其实施条例：规定企业生产的产品没有国家标准、行业标准和地方标准的，应当制定相应的企业标准，作为组织生产的依据。食品企业在这种情况下制定的企业标准需按规定进行备案等管理.