1.市场监管部门负责组织现场监督检查，督促冷链食品生产经营主体做好进货查验、索票索证、索取消毒证明等工作；牵头推进“川冷链”建设应用；依法查处进入市场来源不明的进口冷链食品，涉嫌犯罪的及时移交司法追究刑事责任；会同有关部门（单位），督促食品生产经营主体做好环境消毒、核酸检测、改进卫生条件等工作。
2.卫生健康部门会同相关部门，按职责分工共同推进对环境、从业人员及冷链食品核酸检测工作；汇总分析进口冷链食品新冠病毒核酸检测结果，对进口冷链食品新冠病毒传播风险进行研判，开展对预防性全面消毒措施的指导评估和检查。
3.交通运输部门负责督促指导冷链物流运输企业、港口码头、货运场站等单位加强一线从业人员个人防护，落实运输工具和进口冷链食品倒箱过车过程中的消毒处理措施；严格执行信息登记制度，在国内运输段严格查验进口冷链食品各项单证，查验承运冷链食品在“川冷链”平台追溯信息；配合做好冷链食品运输环节的环境和从业人员核酸检测工作。
4.商务部门负责配合做好政府储备冷链食品的冷库环境和从业人员核酸检测工作；监督政府储备冷链食品的冷库落实直接从事装卸运输作业人员新冠病毒健康管理、冷库环境、储存设施设备、运输工具、装卸作业、外包装清洁消毒等措施；督促储备肉承储企业在“川冷链”平台提交购进和下游企业主体数据、入出库数据。
5.农业农村部门负责加强对屠宰场所及屠宰场所生产自存用冷库疫情防控措施落实情况的督促检查；督促具有生产自存用冷库的生猪屠宰企业在“川冷链”平台提交生产销售有关数据。
6.海关部门负责按规定开展进口冷链食品新冠病毒监测检测，组织指导进口冷链食品进口商、海关查验场所经营单位，做好口岸环节被抽中的进口冷链食品集装箱内壁和货物外包装的预防性全面消毒处理工作，对未抽中的进口冷链食品出具提示单，督促进口商在后续环节完成预防性消毒；督促冷链食品进口商办理通关后当日在“川冷链”平台提交冷链食品品种、数量、流向等信息；依法严厉打击走私冷链食品等违法犯罪行为。
7.发展改革部门对建立进口冷链食品从口岸至销售环节全链条追溯体系、同步完善跨部门信息共享管理平台等工作予以支持。
8.经济和信息化部门负责指导食品生产经营企业改进环境卫生条件，配合市场监管部门督促企业落实好进货查验、追溯管理、人员管理、索取核酸检测报告和消毒证明等主体责任，严禁采购、使用来源不明的进口冷链食品。
9.公安部门会同有关部门（单位）加强对冷链运输物流车辆通行的监督管理；对不执行和本省冷链食品疫情防控相关规定或抗拒相关监管部门执法、明知其经营的冷链食品来源不明或未经检验检疫而不采取防控措施，仍予以进口或销售，引起病毒传播或者有传播危险等行为，依法追究相应法律责任。加强行刑衔接，严厉打击危害冷链食品安全等违法犯罪行为。依法查处散播涉及食品安全特别是冷链食品不实信息或谣言的违法行为。
10.大数据管理部门负责对冷链信息平台开发、数据对接等有关信息化工作予以指导支持。
11.邮政管理部门负责督促邮政、快递企业落实运输工具和冷链食品快件预防性消毒工作；对冷链食品邮件实施独立操作，与其他环节严格隔离；加强快递人员个人防护，配合做好快递人员的核酸检测。
12.口岸物流管理部门负责督促指导机场、铁路、港口口岸管理单位重点抓好冷链食品生产经营新冠病毒防控技术指南贯彻落实。