当多效蒸馏水机在使用过程中发现产水量有明显的下降，多效蒸馏水机或在例行检查中发现塔内有明显结垢时，即应进行清洗。
形成水垢的原因主要纯蒸汽发生器是进料水中残存的无机盐长时间与设备内壁接触、在较高的温度和压力下形成的。
清洗前要准备好专用设备，主要有：
1、贮罐
其容量应大于最低所需的清洗液用量。为安全起见，贮罐应设盖。盖上装有视镜(观察清洗溶液回流情况)和通气孔。
贮罐应有加热功能，如加热夹套或浸入式加热器。应注意的是，不能直接用锅炉蒸汽或蒸馏水机引出的纯蒸汽加热清洗溶液，这样会改变清洗液的浓度。
2、循环耐酸泵
采用压头为2.5kg~3kg、流量为100升/分钟的耐酸泵。
3、连接软管
用于把清洗用贮罐和多效蒸馏水机连接成清洗回路，软管应耐酸耐压。
4、阀门
用于切断清洗液以及调节清洗液流量。