工伤保险补缴一般不会影响员工的工伤认定。工伤认定主要依据《工伤保险条例》中规定的认定条件，如在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害等。只要员工的受伤情形符合这些条件，就可以进行工伤认定。
但是，工伤保险补缴可能会对工伤待遇的支付产生影响。根据相关规定，用人单位参加工伤保险并补缴应当缴纳的工伤保险费、滞纳金后，对于参保前已发生工伤的员工，补缴后新发生的费用可由工伤保险基金和用人单位依照规定支付。而在参保前产生的费用，如工伤发生时到参保前的治疗费用等，通常仍由用人单位承担。
总之，补缴工伤保险不影响工伤认定，但会影响待遇支付的主体和范围。